Ici sont présentées les hypothèses les plus souvent rapportées par les anciens membres des équipages de Daphné à partir de leurs expériences personnelles et des accidents qui ont pu se dérouler par la suite sur d'autres sous-marins du même type. A l'heure actuelle, rien ne permet d'affirmer la véritable raison du naufrage de La Minerve.

Avarie de barre :

- Une avarie de barre liée à une erreur de conception ( pression hydraulique infèrieure à celle de l'eau ce qui, en cas de fuite, la rendait inopérante ) a été envisagée ; cette cause est peut être à l'origine de la disparition de l'Eurydice 2 ans plus tard. Des avaries de barre de plongée arrière se sont produites plusieurs fois notamment sur le Galathée. Une modification de cette barre de plongée devait être faite lors des grands carénages. Elle n'était pas encore réalisée sur la Minerve.

Défaillance du tube d'air :

La voie d'eau provoquée par une défaillance du tube d'air ou des échappements est aussi à rajouter dans les hypothèses : à cette époque, il n'existait pas de grille de protection sur le clapet de tête et il est possible qu'un objet y est pénétré, bloquant sa fermeture. Un grippage du piston de la presse du clapet de tête du à la présence de grain de silice et conséquence du Mistral fréquent dans cette zone de la Méditerranée est une autre explication plausible du disfonctionnement de cet appareillage. Il faut noter que la fermeture de la coupole était manuelle et qu'elle fut remplacée par un système électro-pneumatique.

Plongée profonde :

Le sous-marin avait liberté de manoeuvre dans son secteur pour parfaire son entrainement individuel, l'annulation de l'exercice avec le Breguet lui laissait toute liberté pour faire des exercices de plongée profonde. Malgré les très nombreuses plongées effectuées à des profondeurs comprises entre 200 et 300 mètres, il ne faut cependant pas oublier que l'efficacité de la chasse d'air à haute pression est inversement proportionelle à l'immersion. Pendant ce temps le débit d'une voie d'eau croît comme la puissance 1/2 de l'immersion. Ainsi, le danger croit rapidement alors que sa méthode pour le combattre décroit. Il faut donc réagir vite en cas de voie d'eau, larguer éventuellement les plombs de sécurité.
La coque du sous-marin doit être solide car à chaque augmentation de 10m de l'immersion la pression augmente de 1kg par cm2. Pour la Minerve, c'est jusqu'à 30 kg de pression. Cependant si une cause quelconque fait descendre le sous-marin en dessous de 300m, des fuites commencent à apparaitre un peu partout aggravant l'alourdissement. Les parties faibles des diverses ouvertures et presse-étoupes, les circuits mis en pression vont craquer. En dessus de 600 mètres, le sous-marin est presque surement noyé. Plus bas il sera même entierement disloqué.